用45—48℃的无菌水把专用药溶解，再用循环泵把溶液泵入器械腔内部和清洗盘内循环，使药液与清洗干净的器械腔内外表面充分接触至指定时间，达到器械完全灭菌状态。
然后两次将无菌水经循环泵泵人器械腔内部和清洗盘内循环清洗，以清除器械内外表面的残留药液，最后用真空泵把器械腔内的水抽于。
高效的医用灭菌器使用的灭菌剂为碱性氧化灭菌剂，其灭菌机制主要有：
一、氧化作用：
灭菌剂可直接对细菌的细胞壁蛋白质进行氧化使细胞壁和细胞膜的通透性发生改变，破坏细胞的内外物质交换的平衡，至微生物死亡。
二、破环细菌的酶系统：
当灭菌剂分子进入细胞体内，可直接作用于酶系统，干扰细菌的代谢，抑制细菌生长繁殖。
三、酸性作用：
灭菌剂的酸性可改变细胞内pH值，影响细菌的正常代谢，酸性亦可直接损伤细菌。